神秘博士第三季影片由黑柳彻子的自传小说改编，讲述了作者黑柳彻子上小学时一段真实的故事，小豆豆因淘气被原学校退学后，来到巴学园。在小林校长的爱护和引导下，一般人眼里“怪怪”的小豆豆逐渐成了一个大家都能接受的孩子。