黑客帝国3:矩阵革命弱井幸之助在新宿市中心的一条后巷经营一家小型精神病诊所。通过仔细聆听患者的心声、耐心面对患者的症状，弱井医生诊断出其他医生未能识别的疾病，给患者带来了希望。第一次在精神科工作的护士雨宫由里，通过不断观察弱井的工作，对精神科治疗愈发着迷。然而，雨宫并不知道弱井也有着悲惨的过去——