浪客剑心:京都大火篇在海洋中央的一个军事哨所服役两年后，四名士兵正在等待新的船员来接替他们。当期待已久的船终于出现时，船上空无一人，没有任何解释。当他们试图查明这艘船和失踪船员的下落时，他们意识到他们已经失去了与家人的所有通信。贝恩斯、沙利文、卡西迪和亨德里克斯与世界其他地方隔绝，没有人来接他们，他们必须与彼此的怀疑作斗争，找到回家的新方法。如果家还存在。