深空失忆2舞台は22世紀、電脳ネットワークにおいて事件が起きた。ネットワークに接続した人物のデータを破壊、侵食、変化させるパラサイトウイルスの発生である。感染した人間の致死率は100%。主人公、サージ・シャディックスはウイルスによって殺された仲間たちに事件の解決を誓う。