使徒行者第二部日本和歌山县太地，是一个景色优美的小渔村，然而这里却常年上演着惨无人道的一幕。每年，数以万计的海豚经过这片海域，他们的旅程却在太地戛然而止。渔民们将海豚驱赶到靠近岸边的一个地方，来自世界各地的海豚训练师挑选合适的对象，剩下的大批海豚则被渔民毫无理由地赶尽杀绝。这些屠杀，这些罪行，因为种种利益而被政府和相关组织所隐瞒。